In alcuni documenti la Grotta della Regina è anche chiamata Grotta del Duca, dal titolo della famiglia Carafa (1592-1806) di Noja. Altre fonti presumono che il nome sia derivato da quello della famiglia (nojana) Regina, che avrebbe acquistato questa porzione della proprietà ducale a seguito dell’abolizione della feudalità nel 1886.

Secondo altre fonti ancora le fu dato questo nome perché era sponda balneare preferita dai feudatari nojani e dalla Regina Bona Sforza, duchessa di Bari dopo sua madre Isabella d’Aragona, e dal 1536 anche duchessa di Noja. La grotta divenne così la « cabina» per il bagno della regina o di chi governava in suo nome. Da abilissimo personaggio politico in meno di due anni, ella riuscì a stampare orme della sua presenza in importanti opere pubbliche in Bari. Soggiornava nel grande castello nojano che, sorto in pieno medioevo con necessità di mura bastionate e fos­sato, si stava trasformando in una delle più belle dimore del Rinascimento pugliese dove dimorava l’amico del cuore, il Pappacoda.