La presenza di comunità di stirpe preindoeuropee, provenienti dalla penisola balcanica, si attesta tra il VI e il III millennio a.C. I primi gruppi umani che frequentarono saltuariamente Scamuso, anche prima del VII millennio a.C., costruirono un villaggio di capanne, fatte di un impasto di paglia e argilla, come dimostrano i frammenti di intonaco trovati nel sito. I capannicoli di Scamuso si nutrivano di cereali, grano ed orzo raccolti in terreni lontani da Scamuso, perché più idonei alla coltivazione. e di prodotti ittici. Per i lavori agricoli venivano usati come falci lame di selce, macine e pestelli di pietra utilizzati per triturare i cereali. Nel IV-III millennio ci sono segni di scambio di prodotti di economia costiera con quelli delle comunità interne.

Scamuso si trovava in direzione di un villaggio vero e proprio, quello che sorgeva nella contrada che attualmente si chiama Madonna delle Grazie, in territorio di Rutigliano, presso la piccola chiesa omonima. Questo sito interno rappresenta un tipico insediamento neolitico di cerealicoltori, forse il più imponente della Provincia di Bari.